Село Онгудай основали православные миссионеры в 1626 году. В течение длительного времени здесь располагался таможенный пункт: через село проходили товары, которые везли из Китая. Многочисленные археологические памятники, расположенные в окрестностях поселения, свидетельствуют о том, что это место издавна было стоянкой алтайцев-кочевников.
Название села можно трактовать так: «там, где пещеры». Вторая трактовка – «десять богов». Считается, что основатель села Апчи призвал столько богов для охраны этих земель.
Туристическая инфраструктура села развита неплохо: здесь открыто несколько мини-гостиниц и гостевых домов, в селе есть магазины, кафе.