Церковь Иоанна на Окопах была возведена в Великом Новгороде в 1127 году, по указу Всеволода Мстиславовича. Находится храм на территории Ярославова дворища, западнее церкви Георгия. В 1130 году согласно уставной грамоте церковь Иоанна была передана Ивановской общине купцов - вощаников, которые торговали медом и воском.
В Ивановскую общину купцов входили только достаточно обеспеченные новгородские купцы, которые вносили 50 гривен серебром. При храме Иоанна на Окопах находился купеческий суд, который возглавлял тысяцкий. В купеческом суде разбирались все тяжбы по торговым делам. В церкви хранились основные эталонные меры: «локоть иванский», для измерения сукна, «гривенка рублевая», необходимая для взвешивания драгоценных металлов и весы для взвешивания меда и воска.
В 1453 году церковь Иоанна была разрушена и перестроена архиепископом Евфимием Вторым. При строительстве новой церкви использовался фундамент и нижняя часть стен старой церкви, а внешний архитектурный облик сильно походил на церковь 1127 года. Как и все перестроенные храмы Евфимием Вторым, новая церковь имела один купол.
В годы великой Отечественной войны церковь сильно пострадала и находилась в аварийном состоянии. В 1950 году была проведены масштабные реставрационные работы.
