Ботанический сад Табора был основан как второй ботанический сад в Богемии в 1866 году. Старше только ботанический сад в Праге.
В первый год основания площадь ботанического сада с прилегающим парком составляла 3626 м2. Ботанический сад был небольшим. Все отделы ботанического сада были направлены на удовлетворение потребностей обучения сельскохозяйственной школы. Например, существует целый ряд видов и культурных сортов различных культур, используемых в качестве растительного материала для обучения, была создана коллекция семян и гербарии целых растений. Для обучения проводились сравнительные эксперименты с некоторыми видами и сортами растений (зерновые, бобовые, хмель и др.) Были проведены также тесты с различными сортами картофеля.
После нескольких лет в ботаническом саду были выращены более 1000 видов и сортов растений.
В 1900 году началась новая эпоха в развитии школы и ботанических садов. На протяжении многих лет Ботанический сад расширялся и дополнялся коллекциями чешской флоры. Постепенно посадили несколько сотен различных видов голосеменных и покрытосеменных деревьев.
Чтобы изменить содержание и цели образования в период после Второй мировой войны, изменили структуру Ботанического сада, он стал более универсальным. Здесь построили теплицы, оранжереи, создали новые экспозиции декоративных растений.
В 1992 году городской совет Табора утвердил новый генеральный план, в котором шла речь о дороге, проходящей через Ботанический сад, что вызвало волну неодобрения горожан. В 1999 году был проведен референдум по дороге, в нем 80% граждан Табора были против запланированной дороги через ботанический сад. Этот референдум также уникален тем, что это был первый местный референдум в Чешской Республике, в котором граждане сами приняли решение о будущем их города.
Сегодня ботанический сад является зеленой жемчужиной Южной Чехии. Это не только второй старейшим ботанический сад в Чешской Республике, но и один из старейших ботанических садов в мире, который имеет жизненно важное научное и воспитательное значение, является уникальным оазисом мира и зелени в оживленном центре города.