Знаменский монастырь начали воздвигать в начале 1689 года из местных пород дерева. Место для постройки располагалось в нескольких верстах от Иркутского острога. Но постройки из дерева быстро разрушались и сгнивали. В 1757 году Знаменский монастырь был вновь заложен из камня на деньги купца Бечевина.
Монастырь постепенно рос, строились кельи для монахов и хозяйственные сооружения. К середине 19 века в монастыре проживало более 120 человек. К этому времени Знаменский монастырь стал домом для многих мастериц Иркутской земли. Сюда приходили заказывать священные наряды, свадебные обличия и многие другие предметы быта.
В начале 1873 при обители была организована больница. В конце 1889 года открылась женская духовная школа.
В 1920 году совсем рядом с монастырем был казнен Колчак. Позже здесь был открыт памятник Колчаку на территории храма. В эти годы были упразднены все церки, монастыри и соборы. В 1934 году Знаменский монастырь был переформирован в клуб. Только в 1945 году монастырь был передан верующим в плачевном состоянии. Постепенно все восстанавливалось.
В 1960 году Знаменскому монастырю присвоено значение памятника архитектуры федерального значения.
На сегодняшний день из всего разнообразия построек монастыря сохранилась только церковь, кельи и ворота. Все остальные постройки возведены не так давно.
На территории храма есть некрополь, где захоронены останки основателя Русско-Американской компании - Шелихова Г.И., жены декабриста Трубецкого, декабристы Панов, Муханов, Бечаснов, члены семей Трапезниковых. В 2014 году здесь захоронен Валентин Распутин.
Это место обязательно к посещению в городе Иркутске. Здесь своя энергетика, которую не почувствовать сложно.