Церковь Михаила Архангела расположена на территории Иверского монастыря в городе Валдае. Храм был возведен в 1685 году. С одной стороны к церкви пристроен Казначейский корпус, к которому присоединена каменная башня, украшенная одноглавым орлом. С другой стороны к церкви пристроен «Никоновский» двухэтажный корпус, в котором проживал патриарх Никон.
Церковь Михаила Архангела построена в прямоугольной форме с одной апсидой, к трем сторонам которой пристроена галерея.
Храм входит в комплекс, который делит территорию монастыря на западную и восточную. В комплекс монастыря включены несколько построек: Казначейский корпус, Святые ворота с церковью Михаила Архангела и Михайловскую башню. На протяжении всего 19 века церковь и прилегающие к ней ворота неоднократно перестраивались.
В 1918 году Иверский монастырь, и соответственно все постройки, были упразднены. В годы Великой Отечественной войны в стенах монастыря располагался эвакуационный военный госпиталь. Именно в эти годы объем церкви был поделен деревянными перекрытиями. В послевоенный период церковь находилась в аварийном состоянии, практически все убранство храма было утрачено.
С 1960 -1980 годы в здании церкви проводились масштабные ремонтные работы, был заново воссоздан декор церкви по остаточным сохранившимся элементам.
В 2007 году проводились последние реставрационные работы, в результате которых была заменена лестница, перекрытия и места для богослужения.