Епархиальный дом в Новгородском Кремле был построен в 1913 году, инициатором строительства выступал архиепископ Арсений. Здание играло роль Дома Культуры, в котором располагались: епархиальное управление, братство Александра Невского с книжным магазином, зал для духовых чтений и концертов. Так же здесь было выделено место для архива и музея - древнехранилища.
Основой коллекций музея стали церковные ценности, собранные по епархии к 15 Всероссийскому археологическому съезду, который проводился в 1911 году в Новгороде. Со временем коллекции пополнялись старыми и ценными предметами, присылаемые священниками.
После Революции 1917 года в Епархиальном доме располагался театр Октябрьской Революции. В период Великой Отечественной войны фашисты использовали помещения для конюшни. В послевоенные годы здесь размещался областной Драматический театр. После постройки отдельного здания для театра, здесь обосновалась областная филармония.