Свято-Духов Иаковлев Боровичский монастырь считается одним из самых древних монастырей России. Точная дата постройки неизвестна, но сохранившиеся данные сообщают о том, что возведение Свято-Духова монастыря началось в период правления Ивана Калиты (14 век). Известность и популярность монастырь получил в 16 веке, в период правления Ивана Грозного. Великий царь имел слабость к новым святыням, к чудотворным иконам, поэтому правитель подарил монастырю земельный надел и пахотные угодья. В 1545 году в здание монастыря были перенесены мощи Иакова, тем самым вызвав к себе еще больший интерес.
В период Смутного времени Свято-Духов монастырь сильно пострадал и был практически полностью разграблен шведами. Затем было решено отнести Иаковлев монастырь к Валдайско-Иверскому монастырю. С 1741 году Боровичский монастырь был приписан к Александро-Невской Лавре.
Зимой 1918 года было принято решение о закрытии монастыря. Еще недолгое время храмы, находившихся на территории монастыря были исключительно приходскими. В 1920 году началось изъятие ценностей свято-Духова монастыря, после чего следовала беспощадное разрушение всех церквей, были жестоко уничтожены все приметы, которые могли указывать на культовое назначение здания.
В годы Великой Отечественной война на территории монастыря находился госпиталь для раненных солдат, а позже военная часть.
Осенью 2000 года Свято-Духов Иаковлев монастырь был вновь передан Православной церкви. С этого момента началась реставрация здания, на прежние места были возвращены купола и кресты.
